COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 3.756284 2.680849 2.891076
2020-09-30 17:00:00 2.968249 2.968249 2.876070
2020-09-29 17:00:00 3.073595 3.073595 2.872995
2020-09-28 17:00:00 4.618952 2.408706 2.844760
2020-09-27 17:00:00 3.286376 3.286376 2.838776
2020-09-26 17:00:00 3.013301 3.013301 2.823775
2020-09-25 17:00:00 2.987080 2.987080 2.827284

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 2.427184 2.427184 2.083524
2020-09-30 17:00:00 2.270484 2.270484 2.076531
2020-09-29 17:00:00 2.306425 2.306425 2.105151
2020-09-28 17:00:00 3.149606 0.394867 2.107609
2020-09-27 17:00:00 3.671875 1.562500 2.024430
2020-09-26 17:00:00 1.889020 1.889020 1.928226
2020-09-25 17:00:00 5.044510 5.044510 2.035027

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 3.514377 3.514377 2.244164
2020-09-30 17:00:00 3.624009 3.624009 2.232886
2020-09-29 17:00:00 0.637620 0.637620 2.207693
2020-09-28 17:00:00 3.763441 0.938338 2.112892
2020-09-27 17:00:00 9.055877 2.601156 2.069239
2020-09-26 17:00:00 3.012048 3.012048 1.972416
2020-09-25 17:00:00 1.529412 1.529412 1.870268

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 0.862069 0.862069 0.788139
2020-09-30 17:00:00 0.948867 0.948867 0.797868
2020-09-29 17:00:00 0.720981 0.538793 0.830647
2020-09-28 17:00:00 0.512821 0.271444 0.829865
2020-09-27 17:00:00 1.657754 1.657754 0.855848
2020-09-26 17:00:00 0.850340 0.850340 0.887205
2020-09-25 17:00:00 0.524109 0.524109 0.931244

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 5.217391 5.614598 5.352874
2020-09-30 17:00:00 5.783958 5.783958 5.318327
2020-09-29 17:00:00 6.058039 6.058039 5.152173
2020-09-28 17:00:00 11.451863 5.945183 5.055421
2020-09-27 17:00:00 5.633479 5.633479 4.866745
2020-09-26 17:00:00 5.226016 5.226016 4.690658
2020-09-25 17:00:00 3.628281 3.628281 4.497479

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 3.139287 3.139287 2.600236
2020-09-30 17:00:00 2.342301 2.342301 2.578444
2020-09-29 17:00:00 2.122074 2.122074 2.575494
2020-09-28 17:00:00 3.231939 3.764259 2.581581
2020-09-27 17:00:00 2.568906 2.568906 2.571733
2020-09-26 17:00:00 2.085088 2.085088 2.596860
2020-09-25 17:00:00 2.959728 2.959728 2.618311

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 3.251569 2.361873 2.629478
2020-09-30 17:00:00 2.295082 2.295082 2.581172
2020-09-29 17:00:00 2.836879 2.836879 2.555500
2020-09-28 17:00:00 0.583090 0.583090 2.559831
2020-09-27 17:00:00 2.554745 2.554745 2.590652
2020-09-26 17:00:00 3.778866 3.778866 2.610380
2020-09-25 17:00:00 2.936508 2.936508 2.667311

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 3.253530 2.688766 2.788184
2020-09-30 17:00:00 2.585252 2.585252 2.757673
2020-09-29 17:00:00 3.012380 3.012380 2.778437
2020-09-28 17:00:00 3.161996 3.161996 2.771377
2020-09-27 17:00:00 2.641950 2.641950 2.722129
2020-09-26 17:00:00 3.020690 3.020690 2.687939
2020-09-25 17:00:00 2.464374 2.464374 2.646016

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 6.479860 6.479860 7.036064
2020-09-30 17:00:00 3.105968 5.907430 6.921662
2020-09-29 17:00:00 6.742424 6.742424 6.904541
2020-09-28 17:00:00 10.834990 10.834990 6.932850
2020-09-27 17:00:00 5.044843 10.426009 6.944853
2020-09-26 17:00:00 6.198083 6.198083 6.861893
2020-09-25 17:00:00 5.340161 5.340161 6.687948

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 2.019447 1.386811 1.795203
2020-09-30 17:00:00 1.713555 1.713555 1.783114
2020-09-29 17:00:00 2.038562 2.038562 1.778194
2020-09-28 17:00:00 2.452597 1.717283 1.780315
2020-09-27 17:00:00 2.026837 2.026837 1.795651
2020-09-26 17:00:00 2.084860 2.084860 1.800537
2020-09-25 17:00:00 2.154468 2.154468 1.814982

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 2.676864 3.151379 2.899465
2020-09-30 17:00:00 2.918782 2.918782 2.943566
2020-09-29 17:00:00 3.026775 3.026775 2.930338
2020-09-28 17:00:00 2.304147 2.793946 2.888000
2020-09-27 17:00:00 2.605863 2.605863 2.901156
2020-09-26 17:00:00 2.786710 2.786710 2.915059
2020-09-25 17:00:00 3.720406 3.720406 2.933648

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 0.411523 1.851852 1.486834
2020-09-30 17:00:00 1.190476 1.190476 1.398411
2020-09-29 17:00:00 0.840336 0.840336 1.369051
2020-09-28 17:00:00 0.569801 1.250000 1.357469
2020-09-27 17:00:00 4.861111 4.861111 1.337890
2020-09-26 17:00:00 1.366120 1.366120 1.327330
2020-09-25 17:00:00 1.039501 1.039501 1.300283

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 3.152174 3.152174 3.076219
2020-09-30 17:00:00 2.432046 2.432046 3.221003
2020-09-29 17:00:00 1.646091 1.646091 3.201399
2020-09-28 17:00:00 6.188119 6.188119 3.230998
2020-09-27 17:00:00 3.216374 3.216374 3.232733
2020-09-26 17:00:00 4.166667 4.166667 3.265500
2020-09-25 17:00:00 4.805915 2.171904 3.208813

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 7.619048 7.619048 5.060802
2020-09-30 17:00:00 3.645320 3.645320 4.882929
2020-09-29 17:00:00 2.857143 2.857143 4.796347
2020-09-28 17:00:00 17.699115 17.699115 4.696373
2020-09-27 17:00:00 6.078148 6.078148 4.596929
2020-09-26 17:00:00 5.156724 5.156724 4.444635
2020-09-25 17:00:00 2.628571 2.628571 4.340148

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 8.661417 3.696858 3.547857
2020-09-30 17:00:00 4.693539 2.954169 3.547414
2020-09-29 17:00:00 3.706449 3.706449 3.640181
2020-09-28 17:00:00 5.216426 5.216426 3.588788
2020-09-27 17:00:00 4.336399 3.350854 3.512748
2020-09-26 17:00:00 3.160071 3.160071 3.505197
2020-09-25 17:00:00 4.127967 4.127967 3.569937

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 4.102195 2.986686 3.041375
2020-09-30 17:00:00 3.282493 3.282493 3.046862
2020-09-29 17:00:00 2.615279 2.615279 3.020505
2020-09-28 17:00:00 5.232558 3.356956 3.025772
2020-09-27 17:00:00 4.518430 2.872803 2.980503
2020-09-26 17:00:00 1.825994 2.900107 3.017857
2020-09-25 17:00:00 3.589948 3.589948 3.015736

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 5.342237 5.342237 3.786788
2020-09-30 17:00:00 2.330896 2.330896 3.685445
2020-09-29 17:00:00 5.473965 5.473965 3.604100
2020-09-28 17:00:00 3.151618 3.151618 3.657841
2020-09-27 17:00:00 6.888008 3.146680 3.727005
2020-09-26 17:00:00 4.020421 4.020421 3.709365
2020-09-25 17:00:00 3.481979 3.481979 3.745687

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 4.040404 4.040404 3.128172
2020-09-30 17:00:00 4.460771 2.886382 3.067747
2020-09-29 17:00:00 3.920154 2.621453 3.022072
2020-09-28 17:00:00 6.845638 2.676463 3.026804
2020-09-27 17:00:00 3.557181 3.557181 3.073614
2020-09-26 17:00:00 2.598016 2.598016 3.096961
2020-09-25 17:00:00 3.272171 3.272171 3.074071

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 2.766571 2.766571 2.264921
2020-09-30 17:00:00 2.445985 2.445985 2.256822
2020-09-29 17:00:00 1.861083 1.193139 2.260423
2020-09-28 17:00:00 2.972028 1.813140 2.284184
2020-09-27 17:00:00 1.972271 1.972271 2.322183
2020-09-26 17:00:00 2.505124 2.505124 2.346040
2020-09-25 17:00:00 2.965017 2.965017 2.339442

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 4.125561 4.125561 2.382416
2020-09-30 17:00:00 4.397706 2.198853 2.334478
2020-09-29 17:00:00 1.762452 2.138540 2.326938
2020-09-28 17:00:00 3.353659 1.031895 2.310326
2020-09-27 17:00:00 1.552106 1.552106 2.307272
2020-09-26 17:00:00 3.225806 3.225806 2.342715
2020-09-25 17:00:00 2.194656 2.194656 2.346450

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 0.714286 0.714286 3.542420
2020-09-30 17:00:00 4.109589 4.109589 3.563112
2020-09-29 17:00:00 8.791209 8.791209 3.436704
2020-09-28 17:00:00 1.612903 1.612903 3.396160
2020-09-27 17:00:00 0.000000 0.000000 3.342052
2020-09-26 17:00:00 10.000000 10.000000 3.168748
2020-09-25 17:00:00 1.612903 1.612903 3.349825

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-01 17:00:00 7.098421 3.022811 3.544700
2020-09-30 17:00:00 3.204466 3.204466 3.552211
2020-09-29 17:00:00 3.277154 3.277154 3.553983
2020-09-28 17:00:00 8.693587 3.942266 3.599580
2020-09-27 17:00:00 4.307776 4.307776 3.644425
2020-09-26 17:00:00 3.913043 3.913043 3.640930
2020-09-25 17:00:00 4.013104 4.013104 3.669066

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.427184 2.427184 2.083524
Basilicata 3.514377 3.514377 2.244164
Calabria 0.862069 0.862069 0.788139
Campania 5.217391 5.614598 5.352874
Emilia-Romagna 3.139287 3.139287 2.600236
Friuli Venezia Giulia 3.251569 2.361873 2.629478
Lazio 3.253530 2.688766 2.788184
Liguria 6.479860 6.479860 7.036064
Lombardia 2.019447 1.386811 1.795203
Marche 2.676864 3.151379 2.899465
Molise 0.411523 1.851852 1.486834
P.A. Bolzano 3.152174 3.152174 3.076219
P.A. Trento 7.619048 7.619048 5.060802
Piemonte 8.661417 3.696858 3.547857
Puglia 4.102195 2.986686 3.041375
Sardegna 5.342237 5.342237 3.786788
Sicilia 4.040404 4.040404 3.128172
Toscana 2.766571 2.766571 2.264921
Umbria 4.125561 4.125561 2.382416
Valle d'Aosta 0.714286 0.714286 3.542420
Veneto 7.098421 3.022811 3.544700
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Thu Oct 1 17:59:59 2020 revision 37, 2187511